Denna webbsida är endast avsedd för läkare och sjukvårdspersonal med förskrivningsrätt.

Nytt machine learning-verktyg för snabb upptäckt av biomarkörer från strålbehandling

Flera veckors sökande efter biomarkörer i cancerprover har nu kortats ner till sekunders eller på sin höjd minuters arbete. Genom ett samarbetsprojekt mellan Bioinformatics and Data Centre (BDC) och Britta Langens vid Sahlgrenska Cancer Center, har ett machine learning-program utvecklats som bland annat kan visa effekter av strålbehandling på olika vävnader samt ge indikation på om stråldoser behöver justeras.

Bioinformatiker Björn Andersson och enhetschef Marcela Dávila vid Bioinformatics and Data Centre (BDC). Foto: Charbel Sader.

– Att identifiera biomarkörer för strålningsdosimetri med hjälp av maskininlärning är ett relativt nytt sätt att arbeta med inom cancerbehandling, vilket tidigare varit ett manuell och tidskrävande metod som också kan påverkas av den mänskliga faktorn. Genom försök på mus och råtta har dessutom Britta Langens en mycket stor mängd data där olika typer av strålning utförts på vävnader så som njure, lever och lungor. För att få en ännu mer effektiv och säker analysmetod vände de sig till oss, säger Björn Andersson som är bioinformatiker och den som utvecklat programmet.

Optimera algoritmer

Genom att anpassa och optimera algoritmer i programmeringsspråket R, har verktyget skräddarsytts för att snabbt kunna köra igenom de upp emot 10 000 gener som kan finnas i ett enda prov. Men verktyget kan också med enkelhet läras om för att och kunna analysera andra typer av expressionsdata, exempelvis från proteiner.

– De vinster vi får rent metodologiskt blir att vi dels inte behöver leta manuellt efter biomarkörer en gen åt gången, vilket sparar mycket tid. Dessutom kan vi minska eller i många fall eliminera den mänskliga faktorn eftersom dataanalysen blir automatiskt reproducerbar och enkelt kan verifieras, vilket ger säkrare data utan risk för mänskliga feltolkningar eller missar, säger Björn.

Patientnytta största vinsten

I slutändan är de största vinsterna de som kommer patienterna till gagn.

– Genom snabb och säker analys av data kan patienter följas genom strålbehandlingen på ett helt nytt sätt där optimal och individanpassad cancerbehandling är målet, säger Björn som också lyfter fram framtida möjligheter så som ett webbaserat verktyg där data kan laddas upp och enkelt analyseras utifrån olika behov och prover.

Liknande poster

Företag säljer medicinska tester med feministisk retorik

Företag säljer medicinska tester med feministisk retorik

Att kunna föda barn, och förutsäga bröstcancer. Det är områden där tester och behandlingar, som ofta saknar vetenskapligt stöd, saluförs med feministisk retorik. Göteborgs universitet är nu med och presenterar en kritisk analys av marknadsföringen.

Kirurgi och immunterapi samverkar mot melanom

Kirurgi och immunterapi samverkar mot melanom

Regional cancerterapi av isolerade kroppsdelar (isolerad hyperterm perfusion, ILP) är en behandlingsform där Göteborg är världsledande. Carl-Jacob Khailat Holmbergs avhandling visar att effekten av ILP kan förstärkas av att kombineras med modern immunterapi.

10 miljoner till studie av ny metod för cellterapi

10 miljoner till studie av ny metod för cellterapi

En maskin som automatiskt massproducerar rätt sorts vita blodkroppar. En miljard av dessa T-celler sprutas sedan in i en tumör i levern. Lars Ny och hans forskarteam får nu tio miljoner av Cancerfonden för att ta cellterapi till en ny…

Viktigt steg mot möjlighet att bota högriskneuroblastom

Viktigt steg mot möjlighet att bota högriskneuroblastom

Genom att kombinera två olika precisionsläkemedel försvann tumörerna helt hos möss med högriskneuroblastom. Nu visar samma forskarlag vid Göteborgs universitet hur detta går till på cellnivå, vilket är ett stort steg mot en botande behandling för denna svårbehandlade barncancerform.

Sjöbergstiftelsen finansierar forskning om maligna B-cellslymfom

Sjöbergstiftelsen finansierar forskning om maligna B-cellslymfom

Christine Wennerås, professor i klinisk bakteriologi, får 5,6 miljoner kronor i forskningsbidrag från Sjöbergsstiftelsen. Projektet handlar om cancersjukdomen B-cellslymfom, dess samband med bakterien Neoehrlichia mikurensis och möjligheten att bota vissa fall med antibiotika.

Ny avhandling: Titthålskirurgi bör användas oftare vid tarmcancer

Ny avhandling: Titthålskirurgi bör användas oftare vid tarmcancer

Det finns olika tekniker att operera bort cancer i tjock- och ändtarmen. Josefin Peterssons doktorsavhandling visar att titthålskirurgi är en säker behandlingsform som bör användas i högre utsträckning än i dag.

Tio miljoner till studie om återskapande av bröst

Tio miljoner till studie om återskapande av bröst

Kroppsegen bröstrekonstruktion erbjuds idag i stort sett bara patienter som fått strålbehandling. Emma Hansson får nu tio miljoner från Cancerfonden för att jämföra olika metoder av återskapande. En forskning som hon hoppas leder till att fler kan få nya bröst…

Sockeranalys kan avslöja olika cancerformer

Sockeranalys kan avslöja olika cancerformer

I framtiden kan det räcka att lämna lite saliv för att upptäcka en begynnande cancer. Forskare vid Göteborgs universitet har tagit fram ett effektivt sätt att tolka de förändringar i sockermolekyler som sker i cancerceller.

Nytt labbtest för att utveckla cancerbehandlingar

Nytt labbtest för att utveckla cancerbehandlingar

Fem frågor till Johan Spetz, som får sex miljoner i etableringsbidrag för att under fyra år forska på cancerbehandlingar med hjälp av ett egenutvecklat nytt labbtest.

Högre risk för 17 cancerformer efter högt tonårs-BMI

Högre risk för 17 cancerformer efter högt tonårs-BMI

Män med övervikt eller fetma vid 18 års ålder har högre risk för 17 olika cancerformer senare i livet. Det visar studier vid Göteborgs universitet. Forskningen beskriver också hur fetmaepidemin bland unga väntas påverka cancersituationen kommande 30 år.

Långtidsstudie visar: Äldre kvinnor med lågrisk-bröstcancer behöver inte strålbehandlas

Långtidsstudie visar: Äldre kvinnor med lågrisk-bröstcancer behöver inte strålbehandlas

En tioårsuppföljning av den nationella strålkohortstudien visar att äldre kvinnor med lågrisk-bröstcancer har mycket liten risk för återfall och därför kan slippa strålbehandling. Resultatet presenteras under svenska bröstcancergruppens stora “State-of-the-art” möte (SOTA) som anordnas i Uppsala 26-27 oktober.

Låggradig inflammation i tarmen lång tid efter strålbehandling

Låggradig inflammation i tarmen lång tid efter strålbehandling

Patienter som genomgått strålbehandling mot bäckenet kan leva med en låggradig kronisk inflammation i den nedre delen av tarmen i tjugo år efter behandlingen. Det visar forskare vid Göteborgs universitet i en studie. 

Forskare efterlyser ökad sparsamhet vid strålbehandling av hjärntumörer hos barn

Forskare efterlyser ökad sparsamhet vid strålbehandling av hjärntumörer hos barn

Barn som strålbehandlas för hjärntumör löper högre risk än vuxna att på sikt drabbas av nedsatta kognitiva funktioner. Det hänger samman med att barns hjärnor är känsligare för strålbehandling eftersom hjärnan inte är fullt utvecklad.

Lägre risk för blodcancer efter fetmakirurgi

Lägre risk för blodcancer efter fetmakirurgi

Kirurgi mot fetma är förknippat med en 40-procentigt lägre risk för blodcancer. Det visar en studie vid Göteborgs universitet. Den tydliga kopplingen väntas påverka forskningen i fältet framöver.

De får Stora Forskningsanslaget från Assar Gabrielssons Fond

Stefan Kuczera och Alessandro Camponeschi får 600 000 kronor vardera från Assar Gabrielssons fond till högkvalitativ cancerforskning. Stefan arbetar med AI för att förbättra avancerad avbildning vid prostatacancer och Alessandros forskning ska bidra till bättre behandling för barn med Burkitts…

Anna Martner tilldelas Eric K. Fernströms pris för yngre forskare

Anna Martner tilldelas Eric K. Fernströms pris för yngre forskare

Anna Martner, som leder en forskargrupp vid Sahlgrenska Centrum för Cancerforskning, har utsetts till årets mottagare av Fernströmpriset för yngre forskare. Hennes forskning kan leda till effektivare immunterapi vid flera cancerformer.

Bra kondition i övre tonåren kopplat till lägre cancerrisk

Bra kondition i övre tonåren kopplat till lägre cancerrisk

Män med bra kondition i övre tonåren har lägre risk för flera olika cancerformer senare i livet. Framför allt gäller detta cancer i magtarmkanalen. Det visar en studie vid Göteborgs universitet.

Oklar patientnytta för många dyra cancerläkemedel

Oklar patientnytta för många dyra cancerläkemedel

Nya cancerläkemedel lanseras i snabb takt, innan deras långsiktiga effekt för patienterna hunnit utvärderas. Flera år senare saknar de flesta fortfarande vetenskapligt stöd för att de faktiskt ger ökad överlevnad eller förbättrad livskvalitet. Det visar en studie från Göteborgs universitet.

Skrapa och frys – effektivt vid vanligaste hudcancern

Skrapa och frys – effektivt vid vanligaste hudcancern

Att skrapa och frysa bort tumören är en säker och effektiv behandlingsmetod vid den vanligaste formen av hudcancer, basalcellscancer. I en studie från Göteborgs universitet presenteras nu resultat där olika varianter av metoden prövats.

Nytt sätt att identifiera proteiner främjar medicinutveckling

Nytt sätt att identifiera proteiner främjar medicinutveckling

Alla levande celler innehåller proteiner med olika funktioner beroende på vilken sorts cell det är. Forskare vid Göteborgs universitet har hittat ett sätt att ändå kunna identifiera proteinerna utan att titta på deras struktur. Metoden är både snabbare, enklare och mer…