– extra kromosomer medför stor påverkan
– extra kromosomer medför stor påverkan
Den vanligaste cancerformen hos barn är akut lymfatisk leukemi, ALL. Nu har forskare vid Lunds universitet i sam arbete med Karolinska Institutet, SciLifeLab och University of Cambridge genomfört den största analysen av ALL på proteinnivå hittills, genom att studera aktiviteten i mer än 8 000 gener och proteiner. Resultatet visar en avvikande veckning i DNAsträngen, något som i sin tur påverkar genernas aktivitet. Här sammanfattar docent Kajsa Paulsson vid Lunds universitet de intressanta resultaten från den första stora studien av proteiner hos patienter med ALL.
Akut lymfatisk leukemi (ALL) förekommer i alla åldrar men utgör den vanligaste cancerformen hos barn, med cirka 60–70 fall årligen i åldersgruppen 1–18 år i Sverige. Ungefär 85 procent av fallen är av så kallad B-cell precursor (BCP) fenotyp, där leukemicellerna liknar omogna förstadier till B-celler. Under de senaste årtiondena har överlevnaden i denna sjukdom förbättrats kraftigt och idag har barn-ALL en god prognos med långtidsöverlevnad på över 90 procent1.
Redan i början av 1980-talet upptäckte man att BCPALL kan delas in i olika genetiska subtyper med stark koppling till kliniska parametrar och prognos. Subtyperna karakteriseras av specifika somatiska mutationer som initierat och driver leukemiutvecklingen. De två största genetiska subtyperna utgörs av fall med så kallad hyperdiploidi – 51– 67 kromosomer – samt fall med ETV6/RUNX1-fusionsgen, vilka utgör ca 25 procent vardera av alla BCP-ALL. Båda dessa grupper har en stark koppling till åldersspannet 2–4 år och en mycket god prognos2.
FLER ÄN 46 KROMOSOMER
Hyperdiploidi innebär att cellen innehåller fler kromosomer än de normala 46. I hyperdiploid ALL har leukemicellerna 5–21 till synes normala extra kromosomer. De extra kromosomerna är inte slumpvis utvalda, utan mer än 75 procent av fallen har extra kopior av kromosomerna X, 4, 6, 10, 14, 17, 18 och 21. I övrigt är arvsmassan relativt ”tyst” och innehåller få andra mutationer3. Leukemiutveckligen styrs alltså huvudsakligen av tillskott av specifika kromosomer, men mekanismerna bakom detta är idag relativt okända. Man vet från studier av mRNA att uttrycket av gener på de extra kromosomerna är förhöjt i hyperdiploid ALL men exakt hur det påverkar leukemin har varit oklart. För att undersöka detta närmare utförde vi en så kallad proteogenomisk analys av hyperdiploid ALL4. Vi kunde studera nivåerna av mer än 8 000 proteiner i 18 fall av hyperdiploid ALL samt 9 fall av ETV6/RUNX1-positiva ALL, som vi använde som jämförelsegrupp. Dessutom hade vi data på mRNA-uttryck, mutationer och kopietal från samma fall samt en utökad serie av leukemier med mRNA-uttryck.
