Ny metod för att identifiera funktionella proteinformer – och utforska deras koppling till läkemedelskänslighet
Forskare vid Institutionen för onkologi-patologi på Karolinska Institutet och The European Molecular Biology Laboratory har tillsammans utvecklat en ny metod som kan identifiera och särskilja viktiga fysikaliska skillnader mellan proteinvarianter på ett objektivt sätt. Metoden möjliggör systematisk klassificering av olika proteinvarianter vilket har bäring på utvärdering av läkemedelskänslighet, och presenteras i en artikel i Nature Chemical Biology.
Genom att kombinera termisk proteomik och grafteori, undersöktes termostabiliteten hos proteiner på peptidnivå, och baserat på smältkurvornas utseende identifierades fall där olika peptidpopulationer från ett och samma protein skiljde sig åt. I dessa fall förekommer proteinet sannolikt i flera varianter, så kallade proteinformer. Förhoppningen är att proteinformerna ska kunna fungera som fingeravtryck för att identifiera biomarkörer för precisionsbehandlingar.
Här beskriver forskningsledaren Rozbeh Jafari den senaste kunskapen på området.
Läs mer...