Denna webbsida är endast avsedd för läkare och sjukvårdspersonal med förskrivningsrätt.

Proteomik och genomik för nya möjligheter inom cancerdiagnostik

Ett nytt sätt att identifiera cancerbiomarkörer har utvecklats av forskare vid Lunds universitet. Den nya tekniken möjliggör mycket känslig, snabb och kostnadseffektiv identifiering av bio markörer för cancer. Detta skapar nya möjligheter för tidigare diagnos av cancer och därmed också effektivare behandling. Forskningen, som här beskrivs av Mattias Brofelth och Carl Borrebaeck, har publicerats i Nature Communication Biology.

Analys av blodets dynamiska uppsättning av proteiner är en utmanande uppgift till följd av blodproteomets enorma komplexitet. Samtidigt är blodproteomet en rik källa av information som till stor del är outforskad i jakten på relevanta biomarkörer (Borrebaeck, 2017). Genom att exempelvis studera skillnader i uttryck av olika proteiner som är kopplade till immunförsvaret är det möjligt att tidig detektera respons på förändringar i kroppen till följd av en begynnande sjukdom så som en växande tumör. Att dessutom kombinera informationen från ett flertal proteiner i en så kallad multiplex biomarkörsignatur ökar möjligheten att hitta ett unikt ”fingeravtryck” för en specifik sjukdom, jämfört med att mäta enskilda markörer.

Blodbaserade biomarkörsignaturer har stor potential att kunna ge vägledning vid screening, diagnos, prognos, monitorering eller behandling av tumörsjukdomar. För att övervinna blodproteomets utmaningar krävs
tekniska innovationer i kombination med avancerad bioinformatik. Affinitetsproteomik är en teknik som med framgång har använts för denna uppgift. Ett exempel är mikroarrayer på chip (biomatriser) som baseras
på antikroppars förmåga att ur det komplexa blodprovet fiska fram sitt specifika protein och ge en signal i proportion till dess koncentration (Haab, 2001) (Schröder, 2013). Vi har tidigare visat att biomarkörsignaturer går att identifiera i ett blodprov för sjukdomar såsom bland annat cancer i pankreas (Mellby, 2018), bröst (Carlsson, 2008) samt i olika autoimmuna sjukdomar (Delfani, 2017).

SYNERGI MELLAN FORSKNINGSFÄLT
Dessa teknologiska framsteg har banat väg för en fortsatt utveckling och vi publicerade nyligen en konceptstudie för nästa generations teknikplattform, kallad ProMIS – Protein detection using Multiplex Immunoassay in Solution (Brofelth, M., Ekstrand, A.I., 2020). Konceptet bygger på att kombinera antikropparnas målsökande egenskaper med genomikens förmåga för ultrakänslig detektion med hjälp av NGS (Next Generation Sequencing) (Figur 1). Denna synergi mellan forskningsfälten uppnås genom att koppla en unik DNA-etikett till varje antikropp. Syntetiskt DNA kan idag rutinmässigt produceras efter önskemål och vi designade våra etiketter somen kort sekvens av nukleotider, specifik för varje antikropp.

Detta ger oss möjligheten att ”läsa av” och kvantifiera DNA-etiketten med NGS vilket resulterar i att vi kan mäta vilket målprotein (biomarkör) som antikroppen har bundit. Analysen av blodprovet kan då göras helt i lösning genom att först märka alla proteiner i blodprovet med biotin och sedan binda upp dem till magnetiska kulor (beads) med hjälp av streptavidin. Kulorna kan separeras och tvättas med hjälp av en magnet, vilket också möjliggör en framtida övergång till en helt automatiserad process baserat på robotisering.

Läs hela artikeln

 

Vem springer ifrån Carolina

Ung, synnerligen rask och nybliven doktor. Med ett rykande färskt SM-guld i maraton i fickan kan man nog tveklöst utnämna 27-åriga Carolina Wikström till Sveriges just nu snabbaste kvinnliga läkare. Nu siktar hon på OS nästa år samtidigt som hon funderar på vilken väg hon ska välja inom yrket.

I juni i år blev Carolina Wikström, född i Hudiksvall och vuppvuxen i Uppsala, färdig läkare. Eftersom hon bevisligen går fort fram i livet fick hon direkt ett vikariat som underläkare på onkologkliniken på Gävle sjukhus.
– Jag hade egentligen tänkt utbilda mig till civilingenjör, kanske som en stilla protest gentemot mina föräldrar som båda är läkare. Men trots att jag först var lite motvillig tog intresset för medicin över och jag har aldrig ångrat mitt val. Läkare är ett tryggt yrke och jag gillar att man aldrig blir fullärd.

Carolina tyckte att alla blocken i utbildningen var intressanta men insåg tidigt att hon framförallt lockades av de medicinska specialiteterna.
– Jag trivs mycket bra här på onkologen trots stundtals svåra samtal och situationer. Som ny doktor får man dock bra stöd och handledning här vilket känns tryggt.

TRÄNAR TVÅ GÅNGER PER DAG
Men nu till den i alla avseenden snabba och framgångsrika löparkarriären. För märkligt nog har denna svenska mästare inte alls hållit på att träna på elitnivå länge.
– Jag har hållit på att springa sedan gymnasiet men bara för motionens skull. Mamma och jag brukade springa tillsammans, hon har alltid varit en aktiv löpare som har deltagit i olika lopp, bland annat flera maraton. Först för två år sedan fick jag för mig att satsa på strukturerad träning på elitnivå, berättar hon och tillägger att hon numera tränar två gånger om dagen.
– Det brukar bli någon mil per pass, ett pass före jobbet och ett efter, säger hon och får det att låta enkelt. När Carolina, som tränar för löparklubben Roslagen, sprang sitt första maraton 2018, kom hon i mål på tiden 3, 11.
– Jag ville se hur bra jag kunde bli så sedan dess har jag tränat hårt.
En satsning som verkligen lönat sig för den 5 september i år vann hon obekymrat SM-guldet i maraton på tiden 2, 33, 59.

Läs hela artikeln

VÅRD UTAN VÄNTAN – Nya Perituskliniken i Lund vill beta av den stora ”vårdskulden” inom urologi

VÅRD UTAN VÄNTAN – Nya Perituskliniken i Lund vill beta av den stora ”vårdskulden” inom urologi

Stockholm har Sophiahemmet, Göteborg har Carlanderska men först nu har södra Sverige fått ett eget privatsjukhus – i september öppnade cancerkliniken Peritus i Lund. Med fokus på urologi erbjuder kliniken toppmodern utrustning, avancerad specialistvård och snabba ledtider.
– Vi är ett komplement till den offentliga vården, säger professor emeritus Per-Anders Abrahamsson som hoppas att Peritus ska kunna hjälpa till att beta av den stora ”vårdskulden” inom urologi.

Det är inte varje dag ett nytt sjukhus öppnar i Sverige så det är med spänd förväntan Onkologi i Sverige besöker Perituskliniken någon vecka före det officiella öppnandet den 7 september. Kliniken ligger i Medicon Village i Lund, ett snabbt växande kluster inom life science beläget bara ett stenkast från både Lunds universitet och Skånes universitetssjukhus.
– Vi har byggt ett nytt sjukhus från grunden på bara två år, säger Per-Anders Abrahamsson som är medicinskt ansvarig och den som stolt visar oss runt i de skinande nya lokalerna. På förekommen anledning, många har ställt frågan, passar han också på att förklara valet av namn på kliniken. Peritus betyder expert på latin, ett ovanligt passande namn just här.

ENTUSIASTISK NYBYGGARANDA
I likhet med de övriga specialisterna på kliniken har han en minst sagt gedigen erfarenhet från den offentliga vården i Sverige och en meritlista inom urologi (han är bland annat före detta generalsekretare för EAU, European Association of Urology) som är alldeles för lång för att tas upp här. Men trots, eller kanske just på grund av, att han och kollegorna är riktiga veteraner råder en entusiastisk nybyggaranda på kliniken som har ett 30-tal anställda.

– Vi har inte startat den här kliniken som en kritik mot den offentliga vården men om den hade fungerat optimalt hade vi förstås inte behövts, konstaterar han. Det finns ett utbrett missnöje och frustration bland landets sjukhuspersonal som inte bara handlar om löner utan om arbetsvillkor. Många vill ha en förändring. Det har inte varit några svårigheter för oss att rekrytera personal. Vi erbjuder bra arbetstider och har program för kompetensutveckling för både sjuksköterskor och

Men de som kommer att ha störst glädje av den nya kliniken är nog alla patienter som står i vårdkö.
– Sverige har lägst antal vårdplatser per invånare i Europa och beslutsvägarna inom sjukvården är långa. Vår ambition är att avlasta den offentliga vården genom att kapa väntetiden för patienter som väntar på att få vård för sina urologiska problem. I augusti hade 27 000 patienter i Skåne inte fått vård enligt vårdgarantin.

KORTA LEDTIDER
Trots detta har det hittills inte varit möjligt för kliniken att få ett vårdgarantiavtal med regionen.
– Man har inte kunnat skriva avtal med ett fiktivt sjukhus, men nu när vi har öppnat och allt är igång kan vi teckna avtal när det gäller försäkringsbolagen. Och eftersom organiserad screening för prostatacancer nu är initierat
i Skåne och Västra Götaland kommer allt fler att söka vård hos oss på grund av de korta ledtiderna, förutspår Per-Anders Abrahamsson och förtydligar vad korta ledtider innebär för patienten.

Läs hela reportaget

Studier av immunförsvarets B-celler kan förbättra behandling av malignt melanom

Behandling med checkpoint-hämmare har revolutionerat vården av patienter med malignt melanom, men i vissa fall uppstår en autoimmun reaktion som är så kraftig att behandlingen måste avbrytas. Professor Lill Mårtensson Bopp detaljstuderar immunförsvarets B-celler för att öka kunskapen om hur den biverkningen uppstår och samtidigt lära mer om ledgångsreumatism. Tre miljoner kronor från Lundbergs Forskningsstiftelse till ny teknik gör skillnad för forskningen som kan komma att leda till nya behandlingsformer.


Lill Mårtensson Bopp. Foto Annika SöderpalmTidigare levde bara fem av 100 patienter med spridd hudcancer, malignt melanom, tio år efter diagnos. Behandling med så kallade checkpoint-hämmare har lett till att siffrorna nu ser helt annorlunda och mycket bättre ut. Checkpoint-hämmarna aktiverar T-cellerna i patientens immunsystem och gör att de går till attack mot cancercellerna. Men hos vissa patienter leder behandlingen till en autoimmun reaktion. Då går immunförsvaret till attack mot den egna kroppen, vilket bland annat kan resultera i olika reumatiska sjukdomar. Ibland blir biverkningarna så svåra att behandlingen måste avbrytas.Hittills har forskningen fokuserat på T-cellerna i sökandet efter orsaken till den autoimmuna reaktionen. Men nyligen visades att det ibland också sker förändringar i B-cellerna i patienternas immunförsvar vid behandling med checkpoint-hämmare. Dessutom verkar det som att ju fler förändrade B-celler patienten har, desto allvarligare blir biverkningarna.Lill Mårtensson Bopp, professor vid Avdelningen för reumatologi och inflammationsforskning vid Sahlgrenska akademin har länge intresserat sig för B-celler och deras roll vid leukemi och ledgångsreumatism. Vissa B-celler kallas minnesceller. Hos patienter med ledgångsreumatism är förekomsten av denna B-cellstyp mindre än hos friska och dessutom saknar en andel av B-cellerna proteinet CD21 som normalt finns på deras yta. Just de två förändringarna finns också hos personer som fått immunrelaterade biverkningar efter behandling med checkpoint-hämmare.För att kunna undersöka om det är B-celler utan CD21 som skapar problemen vid melanombehandlingarna krävs mer kunskap om de cellerna.
”Vi behöver hitta en positiv markör, något kännetecken på cellytan på just dessa celler, som gör att vi kan identifiera dem”, säger Lill Mårtensson Bopp.

Tre miljoner kronor i anslag från Lundbergs Forskningsstiftelse har gjort det möjligt för forskargruppen att skaffa en mycket avancerad cellsorterare – en apparat som kan skilja ut enskilda celler och lägga dem i separata små fack i en så kallad analysplatta. Med hjälp av cellsorteraren ska Lill Mårtensson Bopp undersöka om olika B-celler använder olika gener och om det finns något gemensamt mönster i B-celler hos personer med ledgångsreumatism och hos dem som fått reumatiska biverkningar efter behandling med checkpoint-hämmare.

Lill och hennes kollegor ska också kartlägga B-celler utan proteinet CD21 hos melanompatienter.
”Vi vill ta reda på om B-celler utan CD21 finns hos patienterna före behandlingen eller om de är en konsekvens av den. Då kan det bli möjligt att innan behandling med checkpoint-hämmare ta reda på om den enskilde patienten på grund av sina B-celler kommer att få immunrelaterade biverkningar.”

På sikt kan forskningen leda till nya behandlingar:
”Om det är B-celler utan CD21 som är inblandade i både ledgångsreumatism och de autoimmuna reaktionerna vid behandling med checkpoint-hämmare kanske man kan behandla genom att slå ut de B-cellerna,” avslutar Lill Mårtensson Bopp.

Bakgrundsfakta
Lill Mårtensson Bopp berättar:
B-lymfocyter och dess molekyler viktiga för att utveckla cancer och som diagnostiska markörer. Projektet är baserat på B-cellskomponenter och B-cellsubpopulationer och deras impakt på uppkomsten cancer, såsom leukemi, och frekvensen av autoimmunitet i patienter med malignt melanom som behandlas med immune checkpoint inhibitors. Projektet består av två delar där vi använder vår expertis beträffande B-celler i samarbete med ett multi-disciplinärt nätverk för att dels förstå basala processer och dels translatera vår kunskap för att förbättra cancer-behandlingen. Den här ansökan består av två delar. I den ena delen studerar vi B-cellskomponenter and sub-populationer viktiga för uppkomsten av cancer för att förstå bakomliggande mekanismer. Vår hypotes är att avsaknad av/för mycket av vissa molekyler kan ge upphov till leukemi men endast i kombination med tex kromosom-förändringar, som är vanligt förekommande hos patientens leukemiceller. I den andra delen studerar vi också B-cellskomponenter and sub-populationer men i det här fallet som biomarkörer för att förutse autoimmuna reaktioner vid behandling av maligna melanom och andra cancertyper med immune checkpoint inhibitors. De flesta av våra experiment baseras på olika typer av B-celler vilka vi analyserar på som särskilda subpopulationer eller som singel-celler med hjälp av cellulära- och molekylärbiologiska metoder. För att överhuvudtaget kunna bedriva dessa studier så är vi helt beroende av en cellsorterare, ett sofistikerat instrument som är nödvändigt för att just isolera celler på populations- och singel-cell nivå. Vi förväntar oss att våra studier kommer att öka kunskapen om bakomliggande mekanismer som kan leda till uppkomst av cancer och att vi kommer att klargöra om olika B-cellsubpopulationer kan användas som biomarkörer för att förutse autoimmuna reaktioner vid behandling av maligna melanom och andra cancer typer med immune checkpoint inhibitors. Vidare så förväntar vi oss att vi kommer att stärka den translationella multi-disciplinära forskningen med detta samarbete, mellan forskare och kliniker från olika discipliner, och att det kan leda till ny diagnostik och preventiva metoder och biomarkörer.

  1. Benmärgsceller färgas in med flourescerande markörer som märker in B- och T-celler. Markörerna kan därmed detekteras på flödescytometern, dvs cellsorteraren. Flourescencen projiceras på en skärm vilket ger en uppfattning om frekvensen B och T celler.
  2. B-cellerna selekteras elektroniskt och kan mha fler flourescerande markörer delas in i olika typer tex Early, plasma celler …
  3. B-cellerna av intresse, tex Early, dvs celler som efter transformation blir leukemi celler, sorteras därefter i rör eller platta för vidare analys, tex:
    1. Proteiner som samlokaliserar analyseras med proximity ligation assay på konfokal mikroskop
    2. Transkriptomet i enskilda celler analyseras med 10x Genomics single-cell RNAseq
    3. Frekvensen av celler som uttrycker en viss gen analyseras med single-cell quantitative PCR (qPCR

På Lundbergstiftelsens hemsida finns en intervju med Lill Mårtensson Bopp:
https://www.lundbergsstiftelsen.se/2019/lill-martensson-bopp/

Tobias Stiftelsens anslag till forskning om blodcancersjukdom 2020

Tobias Stiftelsens anslag 2020 har tilldelats Magnus Tobiasson och Eva Hellström Lindberg, båda forskare vid Karolinska Institutet. Anslaget uppgår till 10 miljoner kronor fördelat på 5 år. Det ska stödja forskning kring tidig upptäckt av återfall efter stamcellstransplantation för patienter med blodcancersjukdomen myelodysplastiskt syndrom.

Forskarna har utvecklat genetiska metoder som i en större nordisk studie har visat sig kunna upptäcka återfall på ett tidigt stadium. Det unika med studien är att individuella återfallsmarkörer tas fram för varje enskild patient och att metoden är så pass enkel att den kan användas i klinisk rutinverksamhet.

Anslaget från Tobias Stiftelsen möjliggör nu att forskarna kan starta nästa studie där markörerna ska användas för att styra behandlingen efter stamcellstransplantation. Förhoppningen är att tidigt insatt behandling vid synlig återfallsmarkör kan trycka tillbaka sjukdomen och därmed förhindra återfall och leda till fler botade patienter.

Ytterligare målsättningar är att användande av markörerna ska leda till mer riktad behandling med färre komplikationer efter stamcellstransplantation, samt att man på ett tidigare stadium kan förutsäga att sjukdomen är botad.

– Det generösa anslaget möjliggör att vi snabbt kan utveckla metoder för att behandla patienter så effektivt som möjligt, med syfte att bota fler samtidigt som vi hoppas kunna minska allvarliga biverkningar av behandlingen, säger Magnus Tobiasson, läkare och forskare vid institutionen för medicin, Huddinge, som leder projektet.

Elisabeth Storch är styrelseledamot i Tobias Stiftelsen och storasyster till Tobias Storch, som avled 1991 i väntan på att hitta en givare för stamcellstransplantation och som har givit stiftelsen dess namn.

– Från att genom åren framför allt ha stött grundforskning, så är vi glada att nu kunna stödja ett projekt som tar denna basala forskning vidare till konkret tillämpning för att hjälpa patienter, säger hon.

Studien kommer att genomföras i samarbete med samtliga transplantationscentra i de nordiska länderna. De genetiska analyserna görs i samarbete med Akademiska sjukhuset i Uppsala.

Tobias Stiftelsen startade det svenska stamcellsregistret, Tobias Registret, och stöder forskningen kring stamcellstransplantationer och de sjukdomar som kan botas med denna behandling. Tobias Stiftelsen har hittills donerat 115 miljoner kronor till svensk forskning.

Mer om Tobias Stiftelsen