Denna webbsida är endast avsedd för läkare och sjukvårdspersonal med förskrivningsrätt.

VR i kampen mot sjukdom

I ett samarbete mellan Medicinska fakulteten och LTH, har ett verktyg för Virtual reality (VR) för medicinska forskare utvecklats. Detta hjälper forskare att visualisera data som genereras från de avancerade sekvenseringsteknikerna och ger dem möjlighet att processa information på ett mer interaktivt sätt.

Avancerade tekniker inom DNA- och RNA-sekvensering har på ett dramatiskt sätt öppnat upp för att kunna studera enskilda celler i vävnader på ett mer genomgripande sätt än som tidigare var möjligt.

Shamit Soneji, forskare inom bioinformatik vid Lunds universitet. Foto: Åsa Hansdotter, Lunds universitet

– Ett sätt att använda sekvensering är när man mäter genaktiviteten i enskilda celler. Det är viktigt till exempel när man analyserar sällsynta celltyper eller vill skilja cancerceller från normala celler. För att kunna få en ordentlig bild krävs att man undersöker tusentals celler, vilket i sin tur skapar enorma mängder numerisk data, säger Shamit Soneji, forskare vid Lunds universitet.

Den stora utmaningen med sekvenseringsteknikerna är att de skapar stora mängder data och kräver omfattande databehandling för att man ska kunna förstå de komplexa biologiska processerna och tolka all information. Analysen görs av specialister – bioinformatiker – vilka skriver och skapar den mjukvara som krävs för detta.

Men Shamit Soneji, som själv är bioinformatiker, har upptäckt behovet av mer interaktiva och åskådliga metoder för att visualisera data så att forskare själva – utan kunskaper i bioinformatik – lättare ska kunna analysera informationen. Han kontaktade därför LTH för att inleda samarbetsprojektet med hjälp av deras experter inom VR

– Shamit Sonejis initiativ visar vilken oerhörd potential VR-tekniken bär på. Att kunna gå runt i sin egen data och manipulera den på ett intuitivt och smidigt sätt ger en helt annan förståelse. Jag skulle faktiskt gå så långt som att påstå att man tänker annorlunda i VR, tack vare teknikens unika förmåga att involvera kroppen i analysarbetet, säger Mattias Wallergård

Arbetet har utmynnat i mjukvaran CellexalVR som är en virtuell verklighetsmiljö vilken gör det möjligt för forskare att med intuitiva verktyg, utforska all sin data på ett och samma ställe. 3D-kartor byggs upp över de cellpopulationer som utvunnits från den genetiska och mycket komplicerade informationen och forskaren kan tydligt se vilka gener som är aktiva när vissa celltyper bildas. Med hjälp av VR-glasögon ser forskaren hela universumet av cellpopulationer framför sina ögon och kan med två handkontroller välja ut intressanta celler från dessa interaktiva 3D-kartor för att se hur celler relaterar till varandra och därmed skilja sjuka celler från friska.

Eftersom utrymme inte är ett bekymmer, är det även möjligt att ha flera cellkartor i samma ”rum” och jämföra dem sida vid sida, något som är svårt på en traditionell datorskärm. Forskare kan också träffas i VR-världen för att analysera data tillsammans, även om de befinner sig på olika ställen geografiskt.

– Även om man inte är datorvan, är den här typen av analys öppen för alla. En virtuell värld i detta sammanhang är ett helt nytt forskningsområde som har en enorm potential för att forskare ska få tillgång till och kunna processa information på ett mer interaktivt sätt, avslutar Shamit Soneji.

CellexalVR som är en virtuell verklighetsmiljö vilken gör det möjligt för forskare att med intuitiva verktyg, utforska all sin data på ett och samma ställe. 3D-kartor byggs upp över de cellpopulationer som utvunnits från den genetiska och mycket komplicerade informationen och forskaren kan tydligt se vilka gener som är aktiva när vissa celltyper bildas. Med hjälp av VR-glasögon ser forskaren hela universumet av cellpopulationer framför sina ögon och kan med två handkontroller välja ut intressanta celler från dessa interaktiva 3D-kartor för att se hur celler relaterar till varandra och därmed skilja sjuka celler från friska. Fotograf: Bildkälla Shamit Soneji

Publikation: ”CellexalVR: A virtual reality platform to visualize and analyze single-cell omics data”
iScience, 27 oktober 2021, DOI:https://doi.org/10.1016/j.isci.2021.103251

Mjukvaran kan laddas ner gratis från https://www.cellexalvr.med.lu.se/.
Arbetet är finansierat med stöd av Knut och Alice Wallenbergs stiftelse, Cancerfonden, och StemTherapy.

En rapport om behov och tillgång av rehabiliteringsinsatser vid sarkom

Syftet med denna rapport var att undersöka hur sarkompatienter upplever att de får de rehabiliteringsinsatser som de behöver och har rätt till. Ur resultatet från patientdelen styrks misstanken om att det är många som inte får sitt rehabiliteringsbehov uppfyllt. Resultatet visar på flera områden där det finns möjligheter till utveckling. Samtidigt finns det andra områden där det fungerar bra och många är nöjda över bemötandet när de väl kommit rätt. Det patienterna säger speglar i många hänseenden det som också vårdpersonalen upplever. Personalen upplever att det är mycket som fungerar bra och att det finns ett stort engagemang bland personalen. Dock finns det inte alltid tid att göra allt som de önskar, både vad gäller patientkontakt och utvecklingsarbete.

Viktiga punkter utifrån patienternas perspektiv

• Att det aktivt erbjuds rehabiliteringsinsatser och att behovet följs upp kontinuerligt

• Att rehabiliteringsinsatser i större utsträckning kan ske lokalt och att när det sker så är överlämningen aktiv

• Tydlig information om vanliga biverkningar efter operation, behandling eller medicinering, för att vara förberedd och kunna hålla koll på tidiga tecken

• Att det upprättas en vårdplan där rehabiliteringsinsatser finns med

• Nåbarhet och tid för frågor vid kontakt med kontaktsjuksköterska

• Fler former av gruppträffar, både informationsträffar och där chans finns till att höra berättelser om hur andra patienter haft det, gärna i positiv bemärkelse

• Kortare tid mellan kontroller (provtagning/röntgen) och meddelande om provresultat

• Digitala lösningar ses som positivt, främst då fysiska möten inte är möjliga

För mer information och för att ladda ner hela rapporten se 

Syntetisk biologi uppgraderar immunförsvaret

Axel Hyrenius Wittstens forskningsprojektet är ett steg i utvecklingen av nästa generations cellbaserade immunoterapier för solida tumörer. Foto: Åsa Hansdotter.

Syntetisk biologi är ett nytt forskningsområde som innebär att man bygger nya biologiska system för att uppgradera immunförsvaret. Axel Hyrenius Wittsten, forskare vid Lunds universitet, programmerar om immunceller till att mer effektivt söka upp och eliminera solida tumörer.

För tre år sedan fick Axel Hyrenius Wittstens mycket uppmärksamhet för sin avhandling som av Svensk Förening för Hematologi, utnämndes till årets avhandling i hematologi. Den handlade hur genetiska avvikelser driver utvecklingen av leukemi. Nu har han precis kommit tillbaka från USA efter sin postdoc i San Fransisco och inriktningen på forskningen har ändrats en del:

– Under min postdoc började jag jobba med cellbaserad immunterapi där man programmerar om immuncellerna så att de lär sig känna igen och mer effektivt eliminera cancerceller. Det kallas syntetisk biologi och kan liknas med att man uppgraderar immunförsvaret, precis som man uppdaterar ett antivirusprogram på datorn, säger Axel Hyrenius Wittsten.

Syntetisk biologi är ett nytt forskningsområde där man på genetisk väg bygger ihop komplexa biologiska system med nya funktioner som inte existerar i naturen. På så sätt kan man konstruera molekylära komponenter som ger levande celler förmågan att utföra specifika uppgifter baserat på rätt input.

Designar om T-cellernas biologiska nätverk

Denna typ av immunterapi har revolutionerat prognosen för en viss typ av svårbehandlad leukemi, men resultaten har uteblivit när det gäller solida tumörer. Detta beror dels på att det saknas specifika tumörmarkörer som gör det svårt för immuncellerna, exempelvis T-celler, att känna igen tumörcellerna, men även på den immundämpande miljö som finns runt solida tumörer.

– Solida tumörer är lite klurigare att ha att göra med än leukemicellerna, eftersom de skapar en immundämpande miljö som gör immuncellerna trötta och därför inte lika effektiva när de kommer i närkamp med tumören.

I Axel Hyrenius Wittstens forskningsprojekt designar han om T-cellernas biologiska nätverk med hjälp av syntetisk biologi, vilket gör dem mer motståndskraftiga i ogästvänliga tumörmiljöer och förlänger deras verkningstid.

– Projektet är ett steg i utvecklingen av nästa generations cellbaserade immunoterapier för solida tumörer. I förlängningen hoppas vi att det bidra till en ny typ av säker och effektiv terapi för de patienter som idag saknar behandlingsmetoder, avslutar Axel Hyrenius Wittsten.

Opdivo + kemoterapi godkänt vid HER2-negativt avancerat eller metastaserad adenocarcinom

Europeiska kommissionen godkänner Opdivo i kombination med kemoterapi som första linjens behandling av vuxna patienter med HER2-negativt avancerat eller metastaserad adenocarcinom i magsäcken, magmunnen eller matstrupen, vars tumörer uttrycker PD-L1

  • Godkännandet baseras på positiva resultat från fas III-studien CheckMate -649.
  • Opdivo (nivolumab) i kombination med kemoterapi är den första godkända behandlingen som visar en signifikant förbättrad total överlevnad och progressionsfri överlevnad, jämfört med enbart kemoterapi hos denna patientgrupp.

Bristol Myers Squibb meddelar att den Europeiska kommissionen har godkänt Opdivo (nivolumab) i kombination med fluoropyrimidin- och platinabaserad kemoterapi som första linjens behandling av vuxna patienter med HER2-negativt avancerat eller metastaserande adenocarcinom i magsäcken, övergången mellan matstrupe och magsäck (GEJ) eller matstrupen, vars tumörer uttrycker PD-L1 ≥ 5 enligt CPS-metoden (Combined Positive Score).

Godkännandet baseras på resultat från fas III-studien CheckMate -649, som utvärderade kombinationen Opdivo och leukovorin, 5-fluorouracil och oxaliplatin (FOLFOX) eller kapecitabin och oxaliplatin (CapeOX), jämfört med enbart kemoterapi. Resultat från studien visade att Opdivo i kombination med kemoterapi gav en signifikant förbättrad total överlevnad och progressionsfri överlevnad (studiens två primära effektmått), som första linjens behandling av patienter med icke-resektabel avancerad, återkommande eller metastaserande adenocarcinom i magsäcken (ventrikeln), övergången mellan matstrupe och magsäck (gastroesofageala övergången) eller matstrupen (esofagus), hos patienter med PD-L1-uttryck CPS ≥ 5. En statistisk signifikant fördel i total överlevnad (OS) för kombinationen Opdivo och kemoterapi visades också hos patienter med PD-L1-uttryck CPS ≥ 1, och i hela randomiserade patientgruppen. Säkerhetsprofilen för kombinationen Opdivo och kemoterapi i CheckMate -649 var likvärdig med de redan kända biverkningsprofilerna för de olika läkemedlen som ingick i studien.

– Europeiska kommissionens godkännande av Opdivo i kombination med kemoterapi som första linjens behandling för vissa patienter med adenocarcinom i magsäcken, övergången mellan matstrupe och magsäck eller matstrupen innebär en ny behandlingsmöjlighet för dessa patienter. Resultaten från studien CheckMate -649 visar en förbättrad total överlevnad för kombinationen jämfört med enbart kemoterapi, som länge varit standardbehandlingen. Med endast begränsade framsteg under det senaste decenniet vad gäller behandling av patienter med HER2-negativ cancer i övre mag-tarmkanalen, är detta godkännande extra glädjande och vi jobbar nu för att göra detta behandlingsalternativ tillgängligt för patienter i Sverige, säger Karin Andersson, medicinsk chef på Bristol Myers Squibb Sverige.

Beslutet av EU-kommissionen innebär att Opdivo nu är godkänt för denna nya indikation i alla 27 medlemsländer, inklusive Norge, Island och Liechtenstein, det vill säga Opdivo i kombination med fluoropyrimidin- och platinabaserad kemoterapi är indicerat som första linjens behandling av vuxna patienter med HER2-negativt avancerat eller metastaserande adenocarcinom i ventrikeln, gastroesofageala övergången (GEJ) eller esofagus, vars tumörer uttrycker PD-L1 ≥ 5 enligt metoden CPS (Combined Positive Score).

CheckMate -649, effekt och säkerhet hos patienter med PD-L1-uttryck CPS ≥ 5

Resultaten, med en minsta uppföljningstid på 19,4 månader, från CheckMate -649-studien visar:

  • Totalöverlevnad (OS): Medianöverlevnaden var 14,4 månader för patienter med som behandlades med kombinationen Opdivo och kemoterapi (95% konfidensintervall [KI]: 13,1-16,3), jämfört med 11,1 månader (95% KI: 10,0-12,1) för enbart kemoterapi (hazard ratio [HR] 0,69; 95% KI: 0,60-0,81).
  • Progressionsfri överlevnad (PFS): Mediantid för progressionsfri överlevnad för kombinationen Opdivo och kemoterapi var 8,31 månader (95% KI: 7,03-9,26), jämfört med 6,05 månader (95% KI: 5,55-6,90) för enbart kemoterapi (HR 0,68, 95 % KI: 0,59-0,79).
  • Säkerhet: De vanligaste biverkningarna var perifer neuropati (53 %), illamående (48 %), trötthet (44 %), diarré (39 %), kräkningar (31 %), minskad aptit (29%), buksmärta (27 %), förstoppning (25 %), muskuloskeletal smärta (20 %), pyrexi (19%), utslag (18 %), stomatit (17 %), flagande hud eller blåsor på händer och fötter (hudreaktion på hand-fot, palmar-plantar erytrodysestes) (13 %), hosta (13%), ödem (inklusive perifert ödem) (12 %), huvudvärk (11 %) och infektion i övre luftvägarna (10 %).

Om CheckMate -649

CheckMate -649 är en öppen, multi-center, randomiserad fas III-studie som utvärderar kombinationen Opdivo och kemoterapi, eller kombinationen Opdivo och Yervoy, jämfört med enbart kemoterapi hos patienter med tidigare obehandlad, icke HER2-positiv, metastaserande eller avancerat adenocarcinom i magsäcken, övergången mellan matstrupe och magsäck (GEJ), eller matstrupen. De patienter i studien som fick Opdivo i kombination med kemoterapi fick Opdivo 360 mg, kapecitabin och oxaliplatin (CapeOX) var tredje vecka, eller Opdivo 240 mg och 5-fluorouracil, leukovorin, och oxaliplatin (FOLFOX) varannan vecka. Patienterna i studien som fick kombinationen Opdivo och Yervoy fick Opdivo 1 mg/kg och Yervoy 3 mg/kg var tredje vecka under fyra cykler, följt av Opdivo 240 mg/kg varannan vecka. Den grupp som enbart fick kemoterapi fick FOLFOX eller CapeOX varannan respektive var tredje vecka. Alla patienter fortsatte med behandlingen i två år eller tills sjukdomsprogress, oacceptabel toxicitet eller avslutande av behandling i samtycke. Studiens primära effektmått var total överlevnad (OS), samt progressionsfri överlevnad (PFS) definierat av en oberoende granskningskommitté (BICR), hos patienter behandlade med Opdivo i kombination med kemoterapi vars tumörer uttrycker PD-L1 på fem procent eller mer (≥5%) enligt metoden CPS, jämfört med patienter som behandlats med endast kemoterapi. Sekundära effektmått inkluderade total överlevnad (OS) hos patienter i studien som behandlades med Opdivo i kombination med kemoterapi vars tumörer uttrycker PD-L1 på en procent eller mer (≥1%), samt OS för samtliga som fick den kombinationen. Även OS och tid till förvärrade sjukdomssymtom (TTSD) hos patienter som behandlades med kombinationen Opdivo och Yervoy, jämfört med enbart kemoterapi, ingick som sekundärt effektmått.

Om magsäckscancer och cancer i övergången mellan matstrupe och magsäck (GEJ)

Magsäckscancer, även kallat magcancer eller ventrikelcancer, är den femte vanligaste cancerformen i världen och den fjärde vanligaste orsaken till cancerrelaterade dödsfall globalt. Under 2020 diagnosticerades omkring en miljon nya patienter och över 770 000 dödsfall rapporterades. Antalet fall i Sverige av magsäckscancer har minskat kraftigt sedan 1960-talet. Varje år får cirka 600 personer diagnosen i Sverige. Det finns flera former av cancer som kan klassificeras som magsäckscancer. Det kan inkludera cancer i övergången mellan matstrupe och magsäck (gastroesofageala övergången, GEJ), även kallat kardiacancer eller magmunscancer (vilket annars klassificeras under matstrupscancer om det gäller övre delen av magmunnen), och denna form är inte lika vanlig som magsäckscancer, även om antalet diagnostiserade fall ökar.

Om matstrupscancer

Tumörer i matstrupen (esofagus), även kallat esofaguscancer, är den sjunde vanligaste cancerformen i världen och den sjätte vanligaste orsaken till cancerrelaterade dödsfall globalt. Under 2020 diagnostiseras omkring 600 000 nya patienter och över 540 000 dödsfall rapporterades. Varje år får cirka 500 personer diagnosen matstrupscancer i Sverige. De två vanligaste typerna av matstrupscancer är skivepitelcancer och adenokarcinom, och svarar för cirka 85 procent respektive 15 procent av all cancer i matstrupen globalt. Förekomst och fördelningen av de olika typerna varierar dock mellan kontinenter. I Asien dominerar typen skivepitelcancer medan i andra delar av världen så ser det annorlunda ut då adenokarcinom stadigt har ökat i väst. I USA är omkring 65 procent av all matstrupscancer av typen adenokarcinom jämfört med cirka 40 procent i Europa. I Sverige ser sifforna mer ut som i USA, adenocarcinom har ökat och utgör nu cirka 60 procent av all matstrupscancer.

3,8 miljoner till AI-projekt som ska förbättra behandling av barncancer

Nu beviljar Barncancerfonden sju miljoner kronor till forskning inom medicinteknik. Bland annat beviljas medel till två projekt som ska hjälpa läkare att förbättra diagnostik och behandling av tumörer hos barn med hjälp av AI.

– Det görs kontinuerligt framsteg inom den medicintekniska forskningen, men ofta med vuxna patienter i fokus. Genom att utlysa egna medel till medicinteknisk forskning vill vi bidra till utveckling som sätter barn i första rummet, säger Mariette Nordzell tf forskningschef på Barncancerfonden.

Det är fyra forskare vid Karolinska Institutet, Uppsala universitet, Linköpings universitet och Umeå universitet som nu beviljas forskningsmedel om totalt sju miljoner kronor. Tommy Löfstedt vid institutionen för datavetenskap vid Umeå universitet är en av dem. Han beviljas tre miljoner kronor för att med hjälp av AI automatisera strålbehandling inom barnonkologi. Inför en strålbehandling markerar en onkolog eller radiolog strukturer i anatomiska bilder av det område som skall behandlas. Läkaren markerar tumören, men även de omgivande organ som måste undvikas för att inte skadas av behandlingen. Det här är en tidskrävande procedur när den sker manuellt och de programvaror som idag finns till hjälp är främst utvecklade för vuxna patienter.


Tommy Löfstedt, Umeå universitet. Foto Pressbild

– Vi vill ta fram automatiska segmenteringsmetoder för barn, metoder som automatiskt hittar de områden i en bild som utgör en tumör eller ett riskorgan, som ska hålla tillräckligt hög kvalitet för att kunna fungera för klinisk användning, säger Tommy Löfstedt.

Även Neda Haj-Hosseini vid institutionen för medicinsk teknik vid Linköpings universitet får 800 000 kronor under ett år för forskning inom AI. Hon ska med hjälp av stora mängder bilder tagna med magnetkamera och biopsi-data utveckla AI-metoder som kan avgränsa och klassificera hjärntumörer hos barn. På så sätt hoppas forskarna kunna förbättra behandlingen och genomföra den snabbare och med ökad noggrannhet.

Ska lindra smärta och minska sena komplikationer


Gustaf Ljungman, Akademiska sjukhuset. Foto Pressbild

Gustaf Ljungman är överläkare i barnonkologi på Akademiska sjukhuset i Uppsala och professor i pediatrik vid Uppsala universitet. Han beviljas 1,6 miljoner kronor för att ta fram en metod för att minska förekomsten av svåra blåsor och sår i munnen hos barn som behandlas för cancer, en vanlig och mycket plågsam biverkning av cytostatika och strålning. Metoden går ut på att patientens mun kyls ner under behandling med hjälp av ett specialdesignat munstycke. Genom kylmetoden hoppas forskarna kunna minska risken för blåsor och sår att utvecklas och därmed lindra smärtan det orsakar.

1,6 miljoner beviljas även till Klas Blomgren, överläkare och forskare vid Karolinska Institutet. Hans forskningsprojekt syftar till att minska sena komplikationer hos barn som behandlats för hjärntumör. Efter en strålning av hjärnan startar en inflammation som åldrar hjärnan och gör den känsligare för påfrestningar. Men genom att mekaniskt stimulera det autonoma nervsystemet har forskarna upptäckt att kroppen tycks börja läka inflammationen själv. Den mekaniska stimuleringen sker genom att patienten får en luftfylld gummiblåsa i ena näshålan som vibrerar.

Klas Blomgren, Karolinska Institutet. Foto KI

– Det fiffiga är ju att vi använder kroppens egna signalsystem för att återställa balansen – om det nu är det vi gör. Det återstår mycket arbete innan vi förstår både om denna metod fungerar, och i så fall hur den gör det, säger Klas Blomgren.

Utökar finansieringen

Tre gånger om året beviljar Barncancerfonden medel till forskning, där forskning inom medicinteknik utgör en del. Totalt beviljar Barncancerfonden 260-300 miljoner kronor till forskning varje år. Under 2021 fattade Barncancerfondens styrelse dessutom beslut om en ny strategi för forskningsfinansiering. Den innebär bland annat en ökning av  budgetanslaget för forskning med upp till 300 miljoner kronor över fem år, med start 2022. Den utökade strategin fokuserar på strategiskt viktiga områden för att fler barncancerdrabbade ska överleva och göra det med så få komplikationer som möjligt.