Redaktion - Onkologi i Sverige

Utökad diagnostik ska skräddarsy cancerbehandling

I ett nytt precisionsmedicinskt forskningsprojekt kommer patienter med kolorektalcancer erbjudas en utökad diagnostik med bred gensekvensering. Sekvenseringen ska möjliggöra skräddarsydda cancerbehandlingar och tidiga ärftlighetsutredningar.

Annika Sjövall är docent och överläkare på Kolorektalsektionen på Karolinska och leder Reflextestningsprojektet. Det är ett forskningsprojekt där biopsier från misstänkt tjock- och ändtarmscancer ska gensekvenseras innan behandling sätts in.

Annika Sjövall är docent och överläkare på Kolorektalsektionen på Karolinska

– Traditionellt sett har man vid koloncancer ofta opererat patienten först. Sedan har tumören undersökts i mikroskop och beslut har tagits om tilläggsbehandlingar med cytostatika efter operation, beroende på hur stor man bedömer återfallsrisken. Men det finns nu data som tyder på att det kan vara bättre att ge cytostatika före operation, och det finns även vissa genetiska varianter av tumörer som inte svarar bra på cytostatikabehandling.

Bred genetisk sekvensering

DNA från tumören, från biopsin som tas vid den inledande utredningen, kommer att analyseras med en bred genetisk panel som tagits fram på Karolinska Institutet. Panelen möjliggör analys av flera hundra gener. Dessa omfattar alla gener i människans DNA som är relevanta för cancer.

– Alla kommer inte att svaras ut till oss kirurger. Det vi framför allt kommer fokusera på är genetiska varianter som förutspår prognos, behandlingssvar samt om tumören är ärftlig. Finns tecken till ärftlig cancer kommer patienten snabbt bedömas av Klinisk genetik. Patienten och familjen kommer då att erbjudas vägledning på mottagningen för ärftlig cancer, säger Annika Sjövall.

Hur tumören kommer att svara på behandling innebär att behandlingen kan skräddarsys till patienten och avgöra vilka cytostatika som kan vara aktuella.

Annika Sjövall berättar att en specifik ärftlig variant, Lynch syndrom, kan innebära att större delen av tjocktarmen bör opereras bort på grund av hög cancerrisk. Ärftligheten kan också innebära en hög risk för gynekologisk cancer, vilket kan ge skäl till att även operera bort de gynekologiska organen.

– När det finns en ärftlighet som påverkar operationsstrategin så måste vi få till den genetiska vägledningen redan före operation, så vi gör adekvat kirurgi redan från början och kan undvika att patienten behöver genomgå ytterligare operation framöver.

Tiden en utmaning

De många olika stegen i projektet testas just nu och Annika Sjövall hoppas att projektet ska övergå från forskningsprojekt till klinisk rutin om ett år. Utmaningarna handlar mycket om tidsaspekten. Behandlingen av cancerpatienter behöver komma igång snabbt och svaren från en gensekvensering tar i vanliga fall flera veckor. Om cancern är ärftlig kan patienten också behöva få genetisk vägledning före operation.

– Vi vill ju börja behandla cancern snarast möjligt. Så vi måste få till diagnostiken tillräckligt snabbt och se till att den blir rätt.

En annan utmaning är att biopsin behöver innehålla tillräckligt mycket cancerceller både för vanlig cancerdiagnostik och för gensekvensering. Men den utökade diagnostiken har förutsättningar att innebära en stor förbättring för patienterna.

– Att vi kan skräddarsy behandlingen efter varje patient och även förebygga andra cancerformer, det kommer kunna ge bättre överlevnadsmöjligheter och skonsammare behandlingar, säger Annika Sjövall.

Reflextestningsprojektet

Reflextestningsprojektet ska innefatta alla patienter i Region Stockholm och Gotland som utreds för tjock- och ändtarmscancer, vilket är mellan 1000 och 1500 patienter per år. Det är ett forskningsprojekt i samarbete med Karolinska Universitetssjukhuset, Karolinska Institutet, SciLife samt kirurgklinikerna på övriga sjukhus i regionen och planeras övergå i klinisk rutin efter projekttiden.

Projektet innebär en utökad diagnostik där en biopsi skickas för omfattande gensekvensering som i tillägg till annan rutindiagnostik ger information om vilken slags behandling som är optimal.

Gensekvenseringen svarar även på om tumören är ärftlig. Patienten och närstående kommer då erbjudas utredning och genetisk vägledning på Klinisk genetik.

Den genetiska sekvenseringen kommer också svara ut ett par gener som kan innebära en mycket hög risk för ärftlig bröstcancer och malignt melanom.
– De genetiska varianterna bedöms ge en så stor cancerrisk att vi måste berätta om det för patienten om vi hittar dem. Det kommer vara mycket få patienter som har dem, men de och deras familjer kommer då att erbjudas genetisk vägledning, säger Annika Sjövall.

Skånes universitetssjukhus först ut i Sverige med ny cellterapi mot myelom

CAR-T är en behandling som redan prövats på andra former av cancer. Men nu behandlar Skånes universitetssjukhus, som första sjukhus i Sverige, en patient med myelom med metoden.

Stina Wichert (till vänster i bild), överläkare inom hematologi på Skånes universitetssjukhus, leder arbetet med CAR-T-cellsbehandling av myelom.

Myelom är en kronisk form av blodcancer som innebär att vissa vita blodkroppar blir cancerceller.

– På sikt är förhoppningen att den här typen av behandling ska kunna leda till långvarig sjukdomskontroll, och kanske för en del patienter till och med bot och det för en sjukdom som i dagsläget inte är att betrakta som botbar, säger Stina Wichert, överläkare inom hematologi på Skånes universitetssjukhus.

CAR-T kan enkelt beskrivas som ett sätt att ”omprogrammera” patientens eget immunförsvar till att attackera en sjukdom. Behandlingen börjar med att patienten genomgår en så kallad leukaferes. En procedur som tar två till tre timmar och där man samlar in vita blodkroppar, som sedan fraktas till ett speciallaboratorium.
– I det här fallet har cellerna skickats till ett laboratorium i USA. På laboratoriet modifierar de sedan cellerna genetiskt, säger Stina Wichert.

Modifieras för att angripa cancerceller
Man modifierar de egna T-cellerna att på sin yta uttrycka en helt ny antigen receptor (CAR), som gör att de binder till och aktiveras av en viss typ av cancerceller. Hos en person som har myelom är det plasmacellerna som är tumöromvandlade.
När T-cellerna modifierats i laboratoriet flygs de tillbaka till Sverige och förs sedan tillbaka till patienten genom en infusion med förhoppning om att de ska bekämpa cancern.

Internationell klinisk prövning
CAR-T-behandlingen av myelom på Skånes universitetssjukhus, där en patient hittills har behandlats med metoden, är en del av en stor internationell forskningsstudie som heter Cartitude-4.
– Vi är väldigt glada att vi som centra fått delta i den här kliniska studien och redan nu kunnat erbjuda enstaka yngre patienter den här typen av behandling. Än så länge har CAR-T-cellsbehandling vid myelom endast givits inom ramen för kliniska prövningar och i huvudsak till patienter med avancerad sjukdom, men preliminärt visar dessa studier mycket goda resultat. Vår förhoppning är förstås att kunna erbjuda allt bättre behandling till patienter med myelom, där CAR-T-celler är ett lovande alternativ, säger Stina Wichert.

Felicia Frimodig, sjuksköterska på hematologen på Skånes universitetssjukhus, har uppskattat att få arbeta med och vara en del av CAR-T studien på myelom.
– Dels för att det är en ny behandling som vi visserligen känner till inom andra patientgrupper sedan tidigare. Men inom myelomgruppen är den ju helt ny. Det är också väldigt roligt att arbeta med kliniska prövningar eftersom du får en möjlighet att ge behandlingar som inte har provats innan.

VR i kampen mot sjukdom

I ett samarbete mellan Medicinska fakulteten och LTH, har ett verktyg för Virtual reality (VR) för medicinska forskare utvecklats. Detta hjälper forskare att visualisera data som genereras från de avancerade sekvenseringsteknikerna och ger dem möjlighet att processa information på ett mer interaktivt sätt.

Avancerade tekniker inom DNA- och RNA-sekvensering har på ett dramatiskt sätt öppnat upp för att kunna studera enskilda celler i vävnader på ett mer genomgripande sätt än som tidigare var möjligt.

Shamit Soneji, forskare inom bioinformatik vid Lunds universitet. Foto: Åsa Hansdotter, Lunds universitet

– Ett sätt att använda sekvensering är när man mäter genaktiviteten i enskilda celler. Det är viktigt till exempel när man analyserar sällsynta celltyper eller vill skilja cancerceller från normala celler. För att kunna få en ordentlig bild krävs att man undersöker tusentals celler, vilket i sin tur skapar enorma mängder numerisk data, säger Shamit Soneji, forskare vid Lunds universitet.

Den stora utmaningen med sekvenseringsteknikerna är att de skapar stora mängder data och kräver omfattande databehandling för att man ska kunna förstå de komplexa biologiska processerna och tolka all information. Analysen görs av specialister – bioinformatiker – vilka skriver och skapar den mjukvara som krävs för detta.

Men Shamit Soneji, som själv är bioinformatiker, har upptäckt behovet av mer interaktiva och åskådliga metoder för att visualisera data så att forskare själva – utan kunskaper i bioinformatik – lättare ska kunna analysera informationen. Han kontaktade därför LTH för att inleda samarbetsprojektet med hjälp av deras experter inom VR

– Shamit Sonejis initiativ visar vilken oerhörd potential VR-tekniken bär på. Att kunna gå runt i sin egen data och manipulera den på ett intuitivt och smidigt sätt ger en helt annan förståelse. Jag skulle faktiskt gå så långt som att påstå att man tänker annorlunda i VR, tack vare teknikens unika förmåga att involvera kroppen i analysarbetet, säger Mattias Wallergård

Arbetet har utmynnat i mjukvaran CellexalVR som är en virtuell verklighetsmiljö vilken gör det möjligt för forskare att med intuitiva verktyg, utforska all sin data på ett och samma ställe. 3D-kartor byggs upp över de cellpopulationer som utvunnits från den genetiska och mycket komplicerade informationen och forskaren kan tydligt se vilka gener som är aktiva när vissa celltyper bildas. Med hjälp av VR-glasögon ser forskaren hela universumet av cellpopulationer framför sina ögon och kan med två handkontroller välja ut intressanta celler från dessa interaktiva 3D-kartor för att se hur celler relaterar till varandra och därmed skilja sjuka celler från friska.

Eftersom utrymme inte är ett bekymmer, är det även möjligt att ha flera cellkartor i samma ”rum” och jämföra dem sida vid sida, något som är svårt på en traditionell datorskärm. Forskare kan också träffas i VR-världen för att analysera data tillsammans, även om de befinner sig på olika ställen geografiskt.

– Även om man inte är datorvan, är den här typen av analys öppen för alla. En virtuell värld i detta sammanhang är ett helt nytt forskningsområde som har en enorm potential för att forskare ska få tillgång till och kunna processa information på ett mer interaktivt sätt, avslutar Shamit Soneji.

CellexalVR som är en virtuell verklighetsmiljö vilken gör det möjligt för forskare att med intuitiva verktyg, utforska all sin data på ett och samma ställe. 3D-kartor byggs upp över de cellpopulationer som utvunnits från den genetiska och mycket komplicerade informationen och forskaren kan tydligt se vilka gener som är aktiva när vissa celltyper bildas. Med hjälp av VR-glasögon ser forskaren hela universumet av cellpopulationer framför sina ögon och kan med två handkontroller välja ut intressanta celler från dessa interaktiva 3D-kartor för att se hur celler relaterar till varandra och därmed skilja sjuka celler från friska. Fotograf: Bildkälla Shamit Soneji

Publikation: ”CellexalVR: A virtual reality platform to visualize and analyze single-cell omics data”
iScience, 27 oktober 2021, DOI:https://doi.org/10.1016/j.isci.2021.103251

Mjukvaran kan laddas ner gratis från https://www.cellexalvr.med.lu.se/.
Arbetet är finansierat med stöd av Knut och Alice Wallenbergs stiftelse, Cancerfonden, och StemTherapy.

En rapport om behov och tillgång av rehabiliteringsinsatser vid sarkom

Syftet med denna rapport var att undersöka hur sarkompatienter upplever att de får de rehabiliteringsinsatser som de behöver och har rätt till. Ur resultatet från patientdelen styrks misstanken om att det är många som inte får sitt rehabiliteringsbehov uppfyllt. Resultatet visar på flera områden där det finns möjligheter till utveckling. Samtidigt finns det andra områden där det fungerar bra och många är nöjda över bemötandet när de väl kommit rätt. Det patienterna säger speglar i många hänseenden det som också vårdpersonalen upplever. Personalen upplever att det är mycket som fungerar bra och att det finns ett stort engagemang bland personalen. Dock finns det inte alltid tid att göra allt som de önskar, både vad gäller patientkontakt och utvecklingsarbete.

Viktiga punkter utifrån patienternas perspektiv

• Att det aktivt erbjuds rehabiliteringsinsatser och att behovet följs upp kontinuerligt

• Att rehabiliteringsinsatser i större utsträckning kan ske lokalt och att när det sker så är överlämningen aktiv

• Tydlig information om vanliga biverkningar efter operation, behandling eller medicinering, för att vara förberedd och kunna hålla koll på tidiga tecken

• Att det upprättas en vårdplan där rehabiliteringsinsatser finns med

• Nåbarhet och tid för frågor vid kontakt med kontaktsjuksköterska

• Fler former av gruppträffar, både informationsträffar och där chans finns till att höra berättelser om hur andra patienter haft det, gärna i positiv bemärkelse

• Kortare tid mellan kontroller (provtagning/röntgen) och meddelande om provresultat

• Digitala lösningar ses som positivt, främst då fysiska möten inte är möjliga

För mer information och för att ladda ner hela rapporten se

Syntetisk biologi uppgraderar immunförsvaret

Axel Hyrenius Wittstens forskningsprojektet är ett steg i utvecklingen av nästa generations cellbaserade immunoterapier för solida tumörer. Foto: Åsa Hansdotter.

Syntetisk biologi är ett nytt forskningsområde som innebär att man bygger nya biologiska system för att uppgradera immunförsvaret. Axel Hyrenius Wittsten, forskare vid Lunds universitet, programmerar om immunceller till att mer effektivt söka upp och eliminera solida tumörer.

För tre år sedan fick Axel Hyrenius Wittstens mycket uppmärksamhet för sin avhandling som av Svensk Förening för Hematologi, utnämndes till årets avhandling i hematologi. Den handlade hur genetiska avvikelser driver utvecklingen av leukemi. Nu har han precis kommit tillbaka från USA efter sin postdoc i San Fransisco och inriktningen på forskningen har ändrats en del:

– Under min postdoc började jag jobba med cellbaserad immunterapi där man programmerar om immuncellerna så att de lär sig känna igen och mer effektivt eliminera cancerceller. Det kallas syntetisk biologi och kan liknas med att man uppgraderar immunförsvaret, precis som man uppdaterar ett antivirusprogram på datorn, säger Axel Hyrenius Wittsten.

Syntetisk biologi är ett nytt forskningsområde där man på genetisk väg bygger ihop komplexa biologiska system med nya funktioner som inte existerar i naturen. På så sätt kan man konstruera molekylära komponenter som ger levande celler förmågan att utföra specifika uppgifter baserat på rätt input.

Designar om T-cellernas biologiska nätverk

Denna typ av immunterapi har revolutionerat prognosen för en viss typ av svårbehandlad leukemi, men resultaten har uteblivit när det gäller solida tumörer. Detta beror dels på att det saknas specifika tumörmarkörer som gör det svårt för immuncellerna, exempelvis T-celler, att känna igen tumörcellerna, men även på den immundämpande miljö som finns runt solida tumörer.

– Solida tumörer är lite klurigare att ha att göra med än leukemicellerna, eftersom de skapar en immundämpande miljö som gör immuncellerna trötta och därför inte lika effektiva när de kommer i närkamp med tumören.

I Axel Hyrenius Wittstens forskningsprojekt designar han om T-cellernas biologiska nätverk med hjälp av syntetisk biologi, vilket gör dem mer motståndskraftiga i ogästvänliga tumörmiljöer och förlänger deras verkningstid.

– Projektet är ett steg i utvecklingen av nästa generations cellbaserade immunoterapier för solida tumörer. I förlängningen hoppas vi att det bidra till en ny typ av säker och effektiv terapi för de patienter som idag saknar behandlingsmetoder, avslutar Axel Hyrenius Wittsten.