Bättre analys av njurcancer

Varje år insjuknar drygt 1000 personer av njurcancer i Sverige. De tre vanligaste varianterna är klarcellig-, papillär och kromofob njurcancer.  Genom att jämföra genuttrycket i tumörceller från en patient som har njurcancer med frisk njurvävnad, försöker forskare förstå var i njuren cancern uppkommit och vad som gått fel med dessa celler. Nu har en forskargrupp på Lunds universitet upptäckt att i databasen The Cancer Genome Atlas varierar genuttrycket i referensproverna från normal vävnad beroende på var i njuren proverna har råkat bli tagna. Genom att klargöra vilka prover som motsvarar korrekt vävnad kan analyserna bli bättre. Nu publiceras studien i Cell Reports.

Den del i njuren som renar blodet och bildar urin, kallas nefron och fungerar som ett slags rörsystem. I varje njure finns det ungefär en miljon nefron som tillsammans filtrerar 180 liter primärurin (slaggprodukter, vatten och salter) dagligen. Detta blir slutligen 1,5 liter koncentrerad vätska som vi kissar ut.

– Allt är väldigt specifikt reglerat och cellerna har olika egenskaper beroende på var i rörsystemet de sitter. De har även olika genuttryck baserat på funktion, förklarar Håkan Axelson, forskargruppsledare och professor i molekylär tumörbiologi.

När man tar ett tumörprov från en patient och jämför det med frisk njurvävnad, gör man det för att kartlägga hur de olika generna uttrycks för att därmed kunna klargöra vad som är fel i tumörcellerna.  Till hjälp finns The Cancer Genome Atlas – en internationell databas med nästan 1000 prover från njurtumörer och frisk njurvävnad.

– Men när vår forskargrupp studerade proverna från databasen, märkte vi att normalproverna visade en väldigt stor spridning i genuttryck mellan proverna. Det visade sig att proverna i The Cancer Genome Atlas, har tagits på olika djup i njuren och därför innehåller olika celltyper, vilket innebär att genuttrycket också kommer att bli olika, säger Håkan Axelson.

Opålitlig och ibland helt felaktig jämförelse
De normala referensproverna innehåller alltså olika celltyper beroende på var i njuren provet har råkat bli taget. Eftersom Atlasen inte anger var i njuren referensprovet är taget riskerar man en opålitlig och ibland helt felaktig jämförelse.

– Eftersom genuttrycket i cellen skiljer sig åt beroende på var de sitter, blir det också viktigt att de normalprover som finns i databanken är tagna från motsvarande ställe som patientens tumör uppkommer från, säger David Lindgren som är försteförfattare till studien.

Som ett exempel har man tidigare misstänkt att s.k. klarcellig tumör uppkommer i den första delen av nefronet, men om man då jämför dessa tumörceller med ett normalprov som tagits djupare in i nefronet, kommer cellerna inte motsvara tumörprovet. Genuttrycket blir därmed ett annat. Trots att varje patient är unik, har de olika tumörtyperna olika specifika förändringar som uppstår som en följd av egenskaper hos den cell som tumören uppkommer ur.

– Det är extremt viktigt att veta vad det är som karakteriserar cellerna där tumören uppstår. Genom bättre förståelse för detta samspel kan vi få en ökad förståelse för sjukdomsförloppet, som kan ha betydelse för diagnostik och i ett längre perspektiv även val av behandling, avslutar Håkan Axelson.

Publikation:
Cell-Type-Specific Gene Programs of the Normal Human Nephron Define Kidney Cancer Subtypes
Cell Reports 8 augusti 2017, DOI: http://dx.doi.org/10.1016/j.celrep.2017.07.043

För mer information om studien:
Håkan Axelsson, professor i molekylär tumörbiologi, Institutionen för laboratoriemedicin vid Lunds universitet, mobil 0768-871980, e-post: Hakan.Axelson@med.lu.se